天才小学生のアカリは、忍者に変身するシノビテッカーを研究していた。現代科学では、まだ解明できない技術が使われているものの、アカリはもう少しでシノビテッカーの原理を理解できる所まできていた。そんなアカリを狙って、闇武芸一座の怪人が襲ってくる！　ロックによると、アカリは未来の浅草に必要不可欠な人物らしいのだが……。アカリを守るために、キョウたちが立ち上がる！